安装ML导致分区号变更，windows无法正常启动？

cncwl

过程：
1先使用专门硬盘软件（winhdm）重写mbr代码，使其象普通ms系统一样引导，然后删除扩展分区以外的所有分区，也就是只留扩展分区一个主分区，扩展分区前剩余12g的自由空间；
在硬盘的最前面划分5g的主分区；
全新安装win2k3到这个5g的主分区,正常完成，正常启动，正常运行，此时c盘下boot.ini文件中内容为：
[boot loader]
timeout=5
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="2003" /fastdetect /NoExecute=OptOut

可见这个分区的顺序标识是第一个分区，物理上也确是第一个主分区；

再安装ML2.0f，安装过程中将剩下的7g自由空间全部划给/（swap分区原经在扩展分区中建有），物理上该分区应该是第二个主分区。安装顺利，启动顺利，运行正常；
重启，在grub命令行模式输入：
grub>root (hd0,0)
grub>chainloader +1
grub>boot
启动win2k3失败。

进入ML，看到挂载的分区，win2k3所在的物理第一分区是hda4.

重启，在grub命令行模式输入：
grub>root (hd0,3)
grub>chainloader +1
grub>boot
启动win2k3失败,Ntldr 文件丢失。

进入ML，修改hda4下面boot.ini文件内容为：
[boot loader]
timeout=5
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS="2003" /fastdetect /NoExecute=OptOut

重启，在grub命令行模式输入：
grub>root (hd0,3)
grub>chainloader +1
grub>boot
启动win2k3成功--连windows自己也认为其所在分区为2了。

疑问：
是否ML的安装程序一定要把boot所在分区设置成hda1（hd0,0）？
另外的主分区设置的顺序号是依据什么来排的呢？我的硬盘一共只有三个主分区，物理位置第一主分区却是hda4（hd0,3）？为何会跳过hda2？
在已有windows的系统上安装双系统不就破坏了windows的启动吗？对了，安装过程中并没有检测到我已安装的windows而将它加入启动菜单，我记得以前1.2f版的时候有这个功能的啊？

大家探讨。